Fullmetal Alchemist: Brotherhood is een Japanse animeserie van de zender Funimation Channel. De serie ging in première op 5 april 2009.
De serie begint weer van voren af aan, maar houdt zich dit keer volledig aan de plot in de manga, zonder eigen zijsprongen. Per aflevering werden ongeveer twee manga-hoofdstukken behandeld. De eerste 13 afleveringen van Brotherhood beslaan hetzelfde verhaal als de eerste 26 van de eerste anime, wat betekent dat veel details van het verhaal daar overgeslagen zijn.
Ed is now in a hospital recovering from his wounds and Al is unable to let go of what Number 66 told him back at the Fifth Laboratory. Meanwhile, Winry agrees to make a trip to Central in order to repair Ed's automail... again!