Naruto Shippuuden is een Japanse animeserie van de zender TV Tokyo. De serie ging in première op 15 februari 2007.
Naruto Shippuuden speelt zich af drie jaar na de laatste aflevering van Naruto. Sasuke en Orochimaru zijn nog steeds onvindbaar en Naruto heeft Konoha verlaten om 2 ½ jaar te trainen onder meester Jiraiya. Sakura is ondertussen in de leer gegaan bij Tsunade, een van de legendarische Sannins gekend om haar exceptionele vaardigheden als Medical Ninja, om ook een Medical Ninja te worden en zo meer te kunnen bijdragen aan het team. In dit verhaal staat de zoektocht naar Sasuke nog steeds centraal al komt er nog een nieuwe vijand bij: de Akatsuki. Deze organisatie, met als leider Pain, heeft als doel de "Bijuu" (letterlijk: beesten met staart) in handen te krijgen om ze als dodelijk wapen te gebruiken. Naruto staat ook op hun lijst, aangezien in hem de "Kyuubi" huist. In totaal zijn er 9 legendarische beesten die de Akatsuki onder controle wil krijgen.
Without any warning, Zetsu bursts through the floor in the middle of the Five Kage Summit and announces that Sasuke is somewhere in the vicinity. The Summit is immediately put on hold, and the Kages and samurai begin searching for him. Meanwhile, Naruto receives an unexpected visit from Madara, who says that he needs to talk to him. How will Sasuke respond to being discovered, and what are Madara's intentions?