Naruto Shippuuden is een Japanse animeserie van de zender TV Tokyo. De serie ging in première op 15 februari 2007.
Naruto Shippuuden speelt zich af drie jaar na de laatste aflevering van Naruto. Sasuke en Orochimaru zijn nog steeds onvindbaar en Naruto heeft Konoha verlaten om 2 ½ jaar te trainen onder meester Jiraiya. Sakura is ondertussen in de leer gegaan bij Tsunade, een van de legendarische Sannins gekend om haar exceptionele vaardigheden als Medical Ninja, om ook een Medical Ninja te worden en zo meer te kunnen bijdragen aan het team. In dit verhaal staat de zoektocht naar Sasuke nog steeds centraal al komt er nog een nieuwe vijand bij: de Akatsuki. Deze organisatie, met als leider Pain, heeft als doel de "Bijuu" (letterlijk: beesten met staart) in handen te krijgen om ze als dodelijk wapen te gebruiken. Naruto staat ook op hun lijst, aangezien in hem de "Kyuubi" huist. In totaal zijn er 9 legendarische beesten die de Akatsuki onder controle wil krijgen.
Konan encloses Tobi in an chasm with a large amount of explosive tags that detonates in a wide area. Tobi manages to survive with his Izanagi techique, sacrificing one eye, and pierces Konan behind. Tobi explains his technique to Konan. Konan refuses to give up and continues to fight Tobi. Tobi manages to subdue her and places Konan inside a genjutsu to force her to reveal the location of the Rinnegan. Tobi travels to the location and retrieves Nagato's corpse and then takes his leave. A bloodied piece of paper is blown of Konan's body by the wind and travels to her childhood hideout. As it travels, more of the Ame Orphans past with Jiraiya is revealed, as well as some of their time as the original Akatsuki. Meanwhile, Tobi, with a new outfit, is told by Zetsu that they have received intel on the Nine-Tails wherabouts from Kisame. He declares that it's time to capture the Nine-Tails.