Naruto Shippuuden is een Japanse animeserie van de zender TV Tokyo. De serie ging in première op 15 februari 2007.
Naruto Shippuuden speelt zich af drie jaar na de laatste aflevering van Naruto. Sasuke en Orochimaru zijn nog steeds onvindbaar en Naruto heeft Konoha verlaten om 2 ½ jaar te trainen onder meester Jiraiya. Sakura is ondertussen in de leer gegaan bij Tsunade, een van de legendarische Sannins gekend om haar exceptionele vaardigheden als Medical Ninja, om ook een Medical Ninja te worden en zo meer te kunnen bijdragen aan het team. In dit verhaal staat de zoektocht naar Sasuke nog steeds centraal al komt er nog een nieuwe vijand bij: de Akatsuki. Deze organisatie, met als leider Pain, heeft als doel de "Bijuu" (letterlijk: beesten met staart) in handen te krijgen om ze als dodelijk wapen te gebruiken. Naruto staat ook op hun lijst, aangezien in hem de "Kyuubi" huist. In totaal zijn er 9 legendarische beesten die de Akatsuki onder controle wil krijgen.
Deciding to believe in Naruto, Nagato uses the Gedo Art: Rinne Rebirth jutsu, expending the last of his chakra, and thus giving his life, to revive every person in the village who died in the attack, saying that it's the least he can do. With Nagato dead, Konan leaves Akatsuki, taking Nagato and Pain's God Realm (who is actually the body of Yahiko) with her, parting with Naruto saying that since Nagato believed in him to achieve true peace, she will as well. As Naruto returns to the Leaf, he is astonished to find the entire village awaiting his return, hailing him as a true hero. After all these years, Naruto has finally received the acknowledgment he's always wanted.