Fullmetal Alchemist: Brotherhood is een Japanse animeserie van de zender Funimation Channel. De serie ging in première op 5 april 2009.
De serie begint weer van voren af aan, maar houdt zich dit keer volledig aan de plot in de manga, zonder eigen zijsprongen. Per aflevering werden ongeveer twee manga-hoofdstukken behandeld. De eerste 13 afleveringen van Brotherhood beslaan hetzelfde verhaal als de eerste 26 van de eerste anime, wat betekent dat veel details van het verhaal daar overgeslagen zijn.
Cooperation between Mustang's cabal and Ling Yao's band leads to the capture of a Homunculus. Unfortunately, their actions also capture the eye of the Homunculus hiding atop the military's ranks.