Naruto Shippuuden is een Japanse animeserie van de zender TV Tokyo. De serie ging in première op 15 februari 2007.
Naruto Shippuuden speelt zich af drie jaar na de laatste aflevering van Naruto. Sasuke en Orochimaru zijn nog steeds onvindbaar en Naruto heeft Konoha verlaten om 2 ½ jaar te trainen onder meester Jiraiya. Sakura is ondertussen in de leer gegaan bij Tsunade, een van de legendarische Sannins gekend om haar exceptionele vaardigheden als Medical Ninja, om ook een Medical Ninja te worden en zo meer te kunnen bijdragen aan het team. In dit verhaal staat de zoektocht naar Sasuke nog steeds centraal al komt er nog een nieuwe vijand bij: de Akatsuki. Deze organisatie, met als leider Pain, heeft als doel de "Bijuu" (letterlijk: beesten met staart) in handen te krijgen om ze als dodelijk wapen te gebruiken. Naruto staat ook op hun lijst, aangezien in hem de "Kyuubi" huist. In totaal zijn er 9 legendarische beesten die de Akatsuki onder controle wil krijgen.
Naruto, two jonin and an elder known as "the Eternal Genin" set off to a mission to patrol the border of the Land of Fire following Orochimaru's attack. After some days with no incidents, a group of enemy ninjas cross the borders. The Eternal Genin proves to be a brave ninja and remembering the lessons he learned with the 2nd and 3rd hokages, sees the similarities between Naruto and his father.